| Abstrakt: | V tejto práci sme sa venovali problému vyhľadávania štrukturálnych RNA motívov.
Naša práca je motivovaná výskumom Prof. Andreja Luptáka [Ruminski et al., 2010] v
oblasti kataliticky aktívnych RNA, tzv. ribozýmov. Táto práca nadväzuje na našu pred-
chádzajúcu prácu [Rampášek, 2010], v ktorej sme navrhli nový algoritmus na vyhľadávanie
RNA motívov založený na publikovanom prehľadávaní s návratom [Gautheret et al., 1990].
Náplňou tejto diplomovej práce sú tri hlavné výsledky. Za prvé, dokázali sme NP-úplnosť
problému vyhľadávania RNA štrukturálnych motívov pomocou redukcie z problému ONE-
IN-THREE 3SAT. Ďalej, navrhli sme adaptívnu metódu pre usporiadanie elementov v
prehľadávaní s návratom použitom v RNArobo. Túto metódu sme implementovali v
nástroji RNArobo 2.0. Táto zmena priniesla značné zrýchlenie. Pre zložité motívy je
tak RNArobo 2.0 rýchlejší ako zaužívané nástroje RNAbob [Eddy, 1996] a RNAMotif
[Macke et al., 2001]. Na záver, vyvinuli sme nástroje, ktoré umožňujú ohodnotiť nájdené
výskyty daného motívu na základe odhadu stability ich štruktúry.
Celkovo naša práca vyústila v sadu nástrojov, ktoré umožňujú automatizovaný postup
využiteľný pre objavovanie nových výskytov funkčných RNA, podobný postupu navrhnutému
v [Jimenez et al., 2012].
|
|---|